تفاوت قهوه طعم‌دار طبیعی و مصنوعی بیشتر در منبع طعم‌دهنده و تأثیر آن بر سلامت بدن دیده می‌شود.

در قهوه‌های طبیعی، طعم از عصاره‌ی وانیل، دارچین، فندق یا سایر مواد گیاهی گرفته می‌شود که نه‌تنها عطر خوشایندی دارند بلکه خواص آنتی‌اکسیدانی و آرام‌بخش نیز ایجاد می‌کنند. اما در قهوه‌های مصنوعی، از ترکیبات شیمیایی ساخته‌شده برای تقلید همان رایحه‌ها استفاده می‌شود که گرچه ارزان‌تر هستند، اما مصرف زیادشان می‌تواند برای دستگاه گوارش یا کبد مضر باشد. تفاوت در کیفیت هم مشهود است؛ قهوه طبیعی طعمی ملایم و متعادل دارد، در حالی که نوع مصنوعی معمولاً بوی تند و غیرواقعی از خود باقی می‌گذارد. انتخاب میان این دو به ذائقه و سبک زندگی فرد بستگی دارد، اما اگر به دنبال تجربه‌ای سالم و اصیل باشید، طعم‌دار کردن قهوه به صورت طبیعی بهترین گزینه خواهد بود.